实验室的节能设计通常采用绿色建筑的理念。实验室比较大的能耗是由通风柜或设备排气带走的空气能量，因此，实验室的通风和空调设计是节能的重点。如果这两组之间不可能有区别的话，那么，实验室的通风和空调设计就是重点。通风柜在工作时应持续向外通风，房间内的冷热室内空调空气应在夏季和冬季持续排出室外，以增加大量的能源消耗。"为此，我们有几种设计方案：(1)自然补风：在设置通风柜的房间内打开窗户，使大量的连续排风量在保持正常回风量的同时，主要来自室外新鲜空气供应。然而，正是这种未经温湿度处理的新鲜空气对室内环境温湿度产生了负面影响，即实验室在冬、夏两季都是冷热的，因此不推荐将此方案作为主流做法。一项改进是在室内设置一个直接的进风口，但风要经过额外的盘管处理(根据需要加热和冷却)，然后填充到室内，这样房间的温度就可以提高，也就是说，在春季和秋季可以直接补充空气，冬天和夏天可以适当地加热和冷却空气，这样环境温度就可以在一个可接受的范围内。
用于洁净实验室的空调通风系统有两类，一类是集中式、一类是分散式。前者适用于集群式、多房间、多要求、多功能的洁净实验室，优点是便于管理，远离噪声、降低成本。后者适用于规模较小的洁净实验室或有着单独特性要求的实验室，优点是控制精细、针对性强。在选型实际中，人们往往会根据资金、能耗来选择空调的类型，忽略了选型的根本是为了满足需要，满足净化标准要求。在选型之前，一定要领会净化实验室的用途和实验内容、实验仪器设备、实验对象对空气参数和环境要求的具体事项，然后有的放矢地提出有针对性的净化标准，应该考虑的内容要包括：实验室的面积、楼层高度、实验室的总高度和净化实验室围护后的高度;希望达到的温度、相对湿度、风速、静压、静压差等;实验室内要求的洁净等级、噪声标准、无菌要求等等，综合考虑这些因素后，提出一个适宜的资金要求，从而确定空调通风系统的具体形式和类型。
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